不同特性的废水进入反应器后对ph值的影响也不同 ，例如含碳水化合物的废水会引起ph值的降低 ，而含大量蛋白质和---酸的废水则会造成ph值上升。因而 ，进液时废水可有不同的ph值 ，关键是---进液后ph值的稳定 ，使废水有一定的缓冲能力 ，颗粒厌氧污泥，防止酸积累对甲1烷菌产生毒性影响。在操作过程中出水回流不仅在反应器启动阶段提供反应器一定的水力负荷 ，且由于出水碱度高于进水碱度 ，可增加废水的缓冲能力 ，减少化学物质的添加。
除此以外 ，微量元素对微生物---生长也有重要的作用。以甲1烷菌为例来说，甲1烷菌需要相对高浓度的fe、co、ni等 ，颗粒厌氧污泥出售，而在某些废水中不含有或含有的浓度非常低。在此情况下 ，只有向废水中补充这些微量元素。已在进水合成基质成分的试验中 ，颗粒厌氧污泥生产厂家，添加过fecl2?4h2o ，cucl2 等物质。不过 ，具体要添加哪种微量金属溶液 ，还要依据进液废水的情况而定。
实验研究表明，由絮状污泥作为种泥的初次启动时，有机负荷率在0.2～0.4 kgcod/(kgvss?d)和污泥负荷率在0.1～0.25kgcod/(kgvss?d)时，安徽颗粒厌氧污泥，有利于颗粒污泥的形成。在污泥颗粒化过程中进水碱度可以适当偏高(但不能使反应器体系的ph>;8.2，这主要是因为此时产甲1烷菌会受到---抑制)以加速污泥的颗粒化，使反应器快速启动；而在颗粒化过程基本结束时，进水碱度应适当偏低以提高颗粒污泥的产甲1烷活性。
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